Công ty Cổ phần Cảng Đoạn Xá tiền thân là xí nghiệp Xếp dỡ Đoạn Xá, là đơn vị trực thuộc Cảng Hải Phòng, được thành lập theo quyết định số 334/TCCB-LĐ ngày 28/06/1995 của Cục Hàng hải Việt nam. Ngày 19/10/2001, Thủ tướng Chính phủ ký quyết định số 1372/QĐ-TTg, quyết định việc chuyển Xí nghiệp Xếp dỡ Đoạn Xá thành Công ty Cổ phần Cảng Đoạn Xá.
Sau khi chuyển sang công ty cổ phần với vốn điều lệ 35.000.000.000 đồng (35 tỷ đồng), từ đầu năm 2002, Công ty đã đầu tư vào các dự án: Dự án đầu tư cải tạo cầu tầu với vốn đầu tư 29 tỷ đồng, Dự án xây dựng nhà điều hành với vốn đầu tư 1,8 tỷ đồng, đầu tư 02 cần trục chân đế 40 tấn , 02 xe nâng hàng 45 tấn, 01 xe nâng hàng đóng rút container 04 tấn, 02 xe vận tải, 01 giàn cẩu tự động và các tài sản cố định khác. Các dự án này được đưa vào sử dụng và phát huy hiệu quả ngay từ năm 2002 đến nay.